芽孢杆菌作为一种简易的细菌，能强烈地分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物，同时可以与养殖环境中的有害藻类及水产致病菌竞争，形成优势种群，抑制有害藻类及水产致病菌。
芽孢杆菌的种类
目前,可利用的芽孢杆菌有:枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌、缓慢芽孢杆菌、环状芽孢杆菌、芽孢乳杆菌、丁酸梭菌等。
芽孢杆菌对水体生态系统作用效果
1.去碳功能
养殖池塘内的悬浮物和底泥严重恶化了水环境，引起动物发病。而芽孢杆菌通过其酶的作用，能分解悬浮物和底泥，从而维持水生生态环境平衡。把芽孢杆菌(菌液浓度≥1010个/g)投入养殖池，能降低水中COD、BOD,有效改善水质和周围环境。
2.去氮、去硫功能
过量的N、P排入水体引起池塘富营养化，在池塘内易形成对水产动物有毒性的氨氮、硫化氢,影响动物的生长，甚至死亡。而芽孢杆菌可利用其丰富的酶，强烈分解氮系、硫系污染物，净化养殖水体。
3.分解淤泥
利用芽孢杆菌制剂改良底质的应用实验结果表明，有机碳未出现积累,芽孢杆菌降解有机碳效果显著；总氮出现积累现象，处理组与实验组之间差异不显著;碳氮比在底质中呈下降趋势。
4.絮凝作用
芽孢杆菌有很好的絮凝作用,且复合芽孢菌株比单株芽孢杆菌的絮凝效果好。这种絮凝作用可以将水体中的有机碎屑互相粘连在一起,构成菌胶团,担负氧化分解的任务,将有机物结合成絮状,使重金属离子、P元素沉淀,水体净化。
5.硝化作用
硝酸根离子在芽孢杆菌作用下，经亚硝酸根离子,一氧化氮、一氧化二氮被还原为氮气，即芽孢杆菌是好氧菌和兼性厌氧菌，以分子氧为载体，在供氧不充分的时间与空间，可以利用硝酸盐为最终电子载体产生氮氧化合和氮气，而起反硝化作用,将硝酸盐移出系统外，提高pH。
总的来说，芽孢杆菌具有强烈的分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物,分解蛋白质、复杂多糖、水溶性有机物的能力，已被广泛应用。
