帕罗西汀初始治疗阶段容易引起恶心、呕吐、腹泻、消化不良、口干等胃肠道反应，通常与剂量相关，小剂量开始，缓慢增加剂量，饭后服药，可减轻胃肠道反应；性功能障碍也是帕罗西汀常见不良反应，如性功能减退、快感缺失、勃起功能障碍、射精延迟等，减量、停药或换为安非他酮、米氮平、氟伏沙明或萘法唑酮等对性功能影响较小的抗抑郁药；长期服用帕罗西汀可引起5-羟色胺敏感性下调，突然停药可使突触间隙中5-羟色胺浓度下降，神经信息传递受阻，引起失眠、焦虑、震颤、头痛、眩晕、感觉异常等停药综合征，多为自限性，一般2-3周可自行消失，逐渐减量停药也可预防。
帕罗西汀还可引起精神和神经系统不良反应，如嗜睡、意识模糊、幻觉、眩晕、思维异常、意识障碍等，这可能与帕罗西汀增强5-羟色胺能神经的功能相关，都可以归纳为脑子不清楚的症状，这些症状多为一过性，一般在几周后便可消失，如果出现上述症状，应咨询医生或药师，切莫自行停药。此外，抑郁症本身也可引起头晕、幻觉、妄想等症状，也会导致脑子不清楚，应注意与帕罗西汀所致不良反应区分。
帕罗西汀诱发的糖尿病非常罕见，只有不到千分之一的可能，通常出现在开始治疗的前6个月内，其机制非常复杂，可能与帕罗西汀引起内分泌紊乱，诱导体重增加，降低机体对胰岛素的敏感性，导致胰岛素抵抗，以及阻断脑内多巴胺受体或胆碱受体，导致血糖调节紊乱有关，其治疗原则与2型糖尿病相同，首先可以通过控制饮食和加强体力活动控制血糖，当饮食和运动无法有效控制血糖时，可以使用药物治疗。
总之，帕罗西汀是目前临床上常用的一线抗抑郁药，常见中枢神经系统不良反应，如嗜睡、意识模糊、幻觉、眩晕、思维异常、意识障碍等，可表现为脑子不清楚。此外，帕罗西汀可引起血糖波动，罕见新发糖尿病，一旦发生，治疗方式与2型糖尿病相同。
