1、分泌作用：通过分泌细菌素、胞外酶等物质，抑制或杀灭有害细菌。
2、竞争作用：通过分泌抑制性物质，竞争营养物质，竞争宿主的定植位点或通过竞争排斥的原理，抑制有害细菌的生长繁殖；
3、提高水产动物的免疫力：通过提高抗体水平和巨噬细胞的活动，激活机体体液和细胞免疫系统从而提升宿主的免疫能力。
4、净化改良水环境：通过直接或间接的分解和利用养殖水体中的有机物质，减少氨氮、亚硝酸盐的含量，抑制有害细菌滋生，改善水体环境，促进水产动物的健康生长。
益生菌在水产养殖中的应用水产动物生活在水环境中，其体内微生物组成除了受自身机体内在因素的影响，还易随着来自外界环境与食物中的微生物入侵而发生改变。为了有效地对水产动物疾病的进行防治，可以采用外界添加益生菌的手段实现改善水产动物生存的环境，平衡体内的微生物群落的组成，增强水产动物对病原菌的抵抗能力，提高养殖成功率的目的。
在水产养殖过程中，益生菌常作为生长促进剂、免疫促进剂、治疗剂、水质改良剂进行实际应用，根据菌种不同来区分，常用的益生菌有光合细菌、芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌、蛭弧菌、硝化细菌等。
毫无疑问，菌藻调控的理论已经逐渐被广大水产养殖户所接受。无论是养殖水体、底部环境甚至是养殖品种的体内微生态环境，都需要一定数量的有益菌进行调控。目前**农业部所批准的使用的有益微生物菌种有芽孢杆菌、乳酸杆菌、酵母菌、嗜菌蛭弧菌和脆弱拟杆菌六大类微生物。其中光合细菌、芽孢杆菌、乳酸菌又是市场上使用最广的产品。下面就这三大菌在实际养殖中的应用做详细说明。
一、光合细菌
光合细菌，属于厌氧或兼性厌氧性的光能异养菌。在光照条件下，光合细菌能利用小分子有机物合成自身生长繁殖所需要的各种养分，增加水体溶氧，还能利用水环境中的氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐等合成有机氮化物，净化水质；在缺氧条件下，光合细菌对硫化氢、酸性物质等均有一定的分解作用。此外，光合细菌可以产生抗病毒因子等生物活性物质，具有独特的抗病、促生长功能，大大提高了水产动物的生产性能的优点。光合细菌又被称作菌中之花，虽然被叫做光合菌，但事实上它不能产生氧气，同时它也不释放氧气。其主要功能是通过吸收水体中的小分子有机物、氨氮、硫化物等有毒物质，从而使水体中好氧微生物活动减弱，降低氧气消耗并达到净化水质的作用。
※使用注意事项
1、避免和消毒剂同时用。、
2、搭配能分解大分子有机物的菌种（比如芽孢杆菌）效果更好。
3、光合细菌本身蛋白含量高，水体虫子较多不易使用。
4、几乎无副作用，每月定期使用3-5次会有意想不到的效果。
5、光合细菌制剂多为液态，使用时无需活化，应选在晴天上午使用，低温及阴雨天不宜使用；
6、水肥或水质恶化时，宜使用光合细菌分解有机污染物，改善水体环境；水瘦时要先施肥再使用光合细菌；
7、由于酸性水体不利于光合细菌生长，使用光合细菌前应先泼洒适量生石灰调节水体pH至6.0-8.0。
二、芽孢杆菌
芽孢杆菌，是休眠体，目前水产养殖常用的是枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌，均属于好氧细菌，它是一种可形成芽孢的好氧革兰氏阳性菌，具有耐酸、耐盐、耐高温、快速复活和可分泌多种能降解有机物的酶类（蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶）等特点，不仅能有效抑制宿主肠道有害病菌生长，提高机体抗病能力，还可能直接利用水体中的硝酸盐和亚硝酸盐，分解池底有机物，降低养殖水体富营养化程度，优化水体环境。常见的有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌等。
主要作用体现在以下几点：
1、能在水体中迅速生长为微生物群落与有害菌进行营养竞争。
2、分解大分子有机污染物，迅速把粪便、残饵、等物质分解为能被藻类直接利用的无机盐类，从而改良水质底质。
3、能在养殖生物的肠道中产生蛋白酶和淀粉酶，同时抑制有害菌生长，从而提高饵料转化率。
※使用注意事项
1、注意增氧，溶解氧充足是提高芽孢杆菌分解效率的首要条件。
2、使用前充分活化（碳源或者直接用红糖）。
3、芽孢杆菌是好氧性细菌，应在晴天使用，泼洒时必须开启增氧机，增加溶氧，使其在水体繁殖迅速形成种群优势；
4、芽孢杆菌制剂多为粉状产品，以休眠孢子的形式存在，使用前必须打氧发酵6-8小时进行活化、增殖，提高芽孢杆菌的使用效率。
三、乳酸菌
乳酸菌属于厌氧或兼性厌氧菌，能够分解碳水化合物，主要代谢产物为乳酸，可降低肠道pH，抑制肠道不耐酸厌氧病原菌繁殖，维持肠道微生态平衡，还可合成短链脂肪酸和B族维生素，中和毒性产物，抑制氨和胺的合成，增强机体免疫力.其主要被用在调节生物体内微生态环境，如下：
1、降低肠道内PH值，从而抑制有害菌的生长。
2、乳酸菌正常代谢既可直接提供必需氨基酸、维生素等直接可吸收营养物质。
3、代谢产物为乳酸和有机酸类，有助于钙、铁、维生素的吸收。
4、中和动物体内有毒物质，特别是弧菌死亡带来的毒素。
5、抑制蓝藻，清除蓝藻毒素。
6、在有氧和无氧的环境下都可以分解水体中的有害毒素，促进有益菌落的生长。
※使用注意事项
1、生长环境偏酸性，pH偏高的池塘不易直接使用。
2、乳酸菌使用时可用红糖水活化增殖，提高乳酸菌使用效率；
3、使用乳酸菌拌料应间歇性进行，长期连续使用易导致虾肠道酸度过高，肠壁变薄，影响饲料消化吸收。
四、EM菌
1、EM菌是以光合细菌、乳酸菌、酵母菌和放线菌为主的10个属、80余种微生物复合而成的微生物活菌制剂。EM菌的作用原理EM菌是一种高效的复合微生态制剂，主要通过菌群管理，使好的微生物成为优势菌群，从而抑制不好的微生物的生存空间，使环境适合生物的生活和生长；其次，当好的微生物成为优势菌群后，可以通过离子化和抗氧化作用，分解有害物质，降低氨氮、亚硝酸盐等的含量，使有害物质无害化。主要作用机理表现为以下5个方面：
①形成丙酸、乳酸及乙酸等降低机体的pH；
②形成过氧化氢去除部分隐藏的病原菌；
③形成部分代谢产物以降低肠道中胺与氨的浓度；
④形成酶素促进物质的分解；
⑤形成非特异性免疫调节因子，增强动物免疫力。
2、注意事项
① 要使EM菌液在水产养殖上取得明显成效，应连续配套使用。即在用EM菌液制作各种饲喂料的同时，按要求用EM菌液稀释液喷洒干池和水面。
② 不能与各种抗生素和杀菌剂等化学药剂同时混用(非用不可时，应间隔4-6天时间)，尤其是特种水产养殖，如果混用无法发挥EM菌液的有效功能，还会造成池水变臭，出现这种情况要立即换水，再按技术要求用EM菌液饲料投喂和稀释液喷洒。
③ EM菌种发酵液饲料须保持新鲜，喂养时即配即喂，混合1次喂1d，全部喂完，如有剩余应密封保存防止变质。
