为了减少细菌耐药性的产生，莫西沙星仅用于治疗已被证明或强烈怀疑由敏感细菌引起的感染，治疗前应进行适当的培养和药敏试验，根据培养结果选择适当的治疗。参照《抗菌药物临床应用指导原则》及说明书莫西沙星适应证为：呼吸道感染、腹腔感染、胆道感染、盆腔感染、皮肤组织感染、鼠疫等。视病情轻重疗程为5-14天。输注时不得加入溶媒或其他药物，若采用同根输液管或Y型管输注本品，记得前后冲洗该管路。
莫西沙星使用应注意主要不良反应如下
●肌腱病和肌腱断裂 ●
喹诺酮类药物会使所有年龄段患者的肌腱炎和肌腱断裂风险增加，最常发生在跟腱，发生的时间在使用后数小时或数天，或治疗结束后几个月，以60岁以上和使用皮质类固醇药物的患者风险性增加。因此禁用于孕妇、哺乳期妇女以及未满18岁的儿童。
●QT间期延长 ●
免用于QT间期延长、持续心率失常、未治疗的低钾或低镁血症以及使用QT间期延长、应避免盐酸莫西沙星与 IA 类（奎尼丁、普鲁卡因胺片）和 III 类（索他洛尔、胺碘酮）抗心律失常药同时使用。肝功能异常的患者使用时应监测心电图。
●中枢神经系统影响 ●
使用喹诺酮类药物可能会导致中枢神经系统反应包括焦躁、激动、失眠、焦虑、噩梦、偏执狂、头晕、错乱、震颤、幻觉、抑郁或自杀想法或行为。与非甾体抗炎药联用会增加患者中枢神经系统的刺激和抽搐风险。
●精神病学反应 ●
在罕见的病例中出现了发展为自杀意念和自我伤害行为的抑郁或精神反应，例如企图自杀等。
●血糖干扰 ●
使用莫西沙星有报告血糖双向受到干扰，主要发生在那些同时口服降糖药或使用胰岛素的老年患者中。联用时，需密切监测血糖，如发生低血糖反应，需立即停用盐酸莫西沙星并开展适当治疗。
●光敏感性/光毒性 ●
使用喹诺酮类后暴露于阳光或紫外线照射下，会发生中度或严重的光敏感性/光毒性，后者表现为烧灼感、红斑、水泡、渗出、水肿等。使用期间及使用后，避免剧烈的体力运动以及注意避免阳光和紫外线的照射。
●其他 ●
抗酸药、硫糖铝、复合维生素和其他含有多家阳离子的产品降低莫西沙星的吸收。因此，使用这些药物至少4h前或8h后口服莫西沙星片。
增强华法林或其衍生物的抗凝效果，必须严密监控患者的凝血功能。
